A Diretoria Geral, dentre outras atribuições e prerrogativas, é responsável pela direção e a coordenação dos trabalhos da Diretoria Executiva; a representação do Agros judicial e extrajudicialmente; a nomeação de prepostos e procuradores; a decisão sobre admissão, transferência, punição e promoção de empregados; a supervisão da administração do Agros na execução das atividades estatutárias e das medidas tomadas pelo Conselho Deliberativo e pela Diretoria Executiva; a aprovação e a supervisão dos trabalhos desenvolvidos nas unidades administrativas ligadas diretamente à Diretoria Geral. 
As unidades administrativas ligadas diretamente à DGE são a Assessoria de Comunicação (ASC), a Assessoria Jurídica (ASJ), a Assessoria de Planejamento, Orçamento e Riscos (APR) e a Secretaria Executiva (SEC).